Un file PDB (protein data bank) è un formato di file utilizzato per memorizzare dati biologici tridimensionali. I file PDB sono comunemente usati per memorizzare dati su proteine, acidi nucleici e altre biomolecole. I file PDB possono essere visualizzati in vari modi, anche tramite software come PyMOL e VMD. In Windows 11, puoi aprire un file PDB andando in Esplora file, facendo clic sulla scheda Visualizza, quindi selezionando l'opzione per mostrare file e cartelle nascosti. Dopo averlo fatto, dovresti essere in grado di individuare il file PDB che desideri visualizzare. I file PDB sono uno strumento importante per gli scienziati che lavorano con le biomolecole, poiché consentono la visualizzazione e l'analisi dei dati in tre dimensioni. Capire come aprire e visualizzare i file PDB è quindi un'abilità importante per chiunque lavori nel campo della bioinformatica o della biologia computazionale.
File della banca dati delle proteine (PDB). sono file molecolari tridimensionali che immagazzinano strutture molecolari. Ora, se ti stai chiedendo come aprire tali file su PC, questo post ti interesserà. Qui discuteremo in dettaglio i file PDB e come visualizzare tali file in Windows 11/10. Quindi, senza ulteriori indugi, diamo un'occhiata!
Cos'è un file Protein Data Bank (PDB)?
Banca dati delle proteine (PDB) è un database di dati strutturali 3D per proteine, acidi nucleici e altre grandi molecole. File da PIL L'estensione del file è fondamentalmente un file contenente dati relativi alla struttura di una molecola biologica 3D. I dati includono coordinate atomiche, strutture atomiche, connettività atomica, struttura proteica, struttura dell'acido nucleico e altro ancora. Contiene anche metadati sperimentali.
Questo formato di file è ampiamente utilizzato in bioinformatica per scambiare le coordinate delle proteine. Contiene migliaia di righe che descrivono la struttura di una proteina. Ora, se desideri leggere o visualizzare i file PDB su un PC Windows, devi utilizzare uno strumento di terze parti dedicato poiché non esiste un'app nativa per questo. In questo post, discuteremo diversi modi per visualizzare il file PDB in Windows 11/10.
Come visualizzare il file Protein Data Bank (PDB) in Windows 11?
Esistono due modi per visualizzare il file Protein Data Bank (PDB) in Windows 11/10, vale a dire:
- Usa un software gratuito per visualizzare i file PDB.
- Prova uno strumento online gratuito per leggere i file PDB.
1] Utilizzare software gratuito per visualizzare i file PDB.
È possibile utilizzare software Windows di terze parti che consente di aprire e visualizzare file PDB. Sono disponibili diverse app desktop gratuite per Windows che puoi provare. Ecco alcuni buoni che puoi usare:
- IQmol
- Swiss-PdbViewer
- Cumolo
- Una molecola
- RasMol
A] IKmol
IQmol è un editor molecolare e un software di visualizzazione gratuito e open source per Windows 11/10. Usandolo, puoi visualizzare PDB e vari altri file di molecole 3D come MOL, SMI, CUBE, XYZ, ecc. In questo software puoi trovare tutti gli strumenti di visualizzazione molecolare importanti. Questi strumenti vanno da quelli di base a quelli avanzati. Oltre a visualizzare il file PDB, puoi anche modificare la struttura molecolare.
Ti consente di aprire più file PDB contemporaneamente e visualizzarli tutti contemporaneamente. Nel pannello Vista modello, puoi abilitare o disabilitare il rendering di uno o più file PDB.
Le principali caratteristiche di IQmol:
Le caratteristiche di questo visualizzatore di file PDB gratuito e open source che puoi esaminare sono:
- Puoi trovare tutti gli strumenti standard per la navigazione dei file, inclusi zoom avanti/zoom indietro (con la rotellina del mouse), panoramica, rotazione, schermo intero, visualizzazione di ripristino, mostra assi, ecc.
- Ti consente di personalizzare l'aspetto del modello modificando parametri come shader, luce ambientale, diffusione, intensità della nebbia, luci, intensità del rumore, parametri POV-Ray, ecc.
- Puoi anche aggiungere etichette atomiche come massa atomica, carica parziale, NMR, densità di spin, ecc.
- Ciò consente di personalizzare le impostazioni della fotocamera a proprio piacimento. È possibile regolare la proiezione, la posizione, ecc. della telecamera.
- avere un conveniente Rotazione automatica una funzione che permette di ruotare automaticamente il modello molecolare.
- È possibile salvare l'attuale rappresentazione della struttura proteica in un formato immagine come PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS, ecc.
- Consente inoltre di convertire i file PDB in altri file di molecole utilizzando la funzione 'Salva con nome'. Formati di output supportati: XYZ, MOL, MOL2, CML, ecc.
- Puoi anche usarlo Calcolo funzioni da calcolare energia della struttura molecolare, forze, scansione PES, stato di transizione, spostamenti chimici, geometria, energia di decomposizione, correzione BSSE, e così via.
Oltre alle funzioni di visualizzazione, ottieni uno speciale menu Build con una serie di funzioni di costruzione molecolare. Queste funzionalità includono l'aggiunta di nuovi atomi, l'inserimento di nuove molecole, la riduzione al minimo della struttura, l'impostazione degli isotopi e altro ancora.
Questo è un ottimo software di modellazione molecolare con cui puoi visualizzare i file della banca dati proteica sul tuo PC. Se ti piace, scarica da qui .
Vedere: Chem4Word è un componente aggiuntivo di chimica per Microsoft Word. .
B] Swiss-PdbViewer
Swiss-PdbViewer è uno speciale visualizzatore di file PDB gratuito per Windows 11/10. Ti consente di visualizzare e analizzare diverse strutture proteiche contemporaneamente. È possibile analizzare la struttura delle proteine, la struttura del DNA, ecc. contenute nel file PDB. Oltre al file PDB, consente anche di aprire e visualizzare file MOL e MMCIF.
Quando si apre un file PDB, viene visualizzata una vista 3D sull'interfaccia insieme a una finestra del pannello di controllo. Il pannello di controllo contiene informazioni generali, un elenco e un titolo del file. Puoi facilmente spostare la struttura, ruotarla, ingrandire/rimpicciolire, ecc.
Ti consente inoltre di mostrare o nascondere la superficie del punto, la base, i legami idrogeno, i vettori di forza e altro in base alle tue preferenze. Puoi anche evidenziare diverse parti con diverse combinazioni di colori per analizzare meglio la struttura. Inoltre, puoi utilizzare funzionalità di visualizzazione come Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels e altro.
Oltre agli strumenti di visualizzazione, ottieni anche molte funzionalità di modellazione molecolare. Inoltre, include anche il calcolo dell'energia, il calcolo del legame H, l'analisi del dominio, il rilevamento del dominio, la creazione di motivi 3D, la costruzione della simmetria cristallografica e altri strumenti.
Puoi scaricarlo da Sito ufficiale .
Leggere: Il miglior software gratuito di analisi energetica per Windows 11/10.
C] QMol
Cumolo è un altro visualizzatore PDB gratuito per Windows 11/10. È uno strumento di visualizzazione della struttura macromolecolare con cui è possibile visualizzare i file PDB. Altri file che puoi aprire e visualizzare sono DX, MAP, MTZ, CNS, ecc.
Ti permette di passare dalla vista prospettica a quella ortografica, ruotare il modello, ingrandire/rimpicciolire, ecc. Puoi renderizzare il modello usando POV-Ray ei suoi metodi di rendering dell'animazione. La struttura renderizzata può essere salvata in formato PNG. È disponibile anche uno strumento di misurazione che consente di misurare la distanza, l'angolo e la torsione nel modello.
Puoi anche trovare alcuni strumenti aggiuntivi per analizzare ulteriormente la struttura delle proteine. Questi strumenti includono Sovrapposizione molecolare, taglierina della superficie Mol, generazione della superficie Mol, editor del legame Mol, analisi dell'interazione, animazione morph Mol, e così via.
È un buon software per visualizzare e analizzare la struttura proteica presente nei file PDB.
Vedere: Opzione .LIT # Come convertire LIT in EPUB o MOBI su Windows?
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D] Molecole
Il prossimo software di visualizzazione PDB in questo elenco è Molekel. Questo è un software di visualizzazione molecolare piuttosto vecchio ma potente che consente di aprire e visualizzare file PDB. Puoi trovare molti strumenti di visualizzazione e analisi molecolare che ti consentono di analizzare le strutture proteiche.
Consente di personalizzare la visualizzazione di molecole, atomi, legami, residui, ecc. È possibile scegliere diversi tipi di visualizzazione per ciascuno di essi, come Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Wire, Stick, Linear Tape, ecc. Inoltre, è possibile regolare le proprietà della vista 3D, mostrare/nascondere i riquadri di delimitazione, utilizzare gli shader, ecc. Consente di visualizzare il file PDB modificando la densità elettronica della superficie di la struttura e aggiungendo alla struttura una superficie disponibile per il solvente.
potete trovare Animazione una funzione in esso per riprodurre l'animazione della struttura della molecola. Ha anche uno speciale menu 'Analisi' con strumenti appropriati. Utilizzando gli strumenti di analisi, puoi determinare i dati della griglia, la densità rotazionale, il potenziale elettrostatico molecolare, lo spettro di emissione, la distanza, l'angolo e altro per una struttura.
Consente inoltre di convertire i file PDB in vari formati di file. Questi formati includono PDF, PS, EPS e immagini. Se ti piace puoi prenderlo Qui .
Leggere: Complete Anatomy App è un degno download per Windows. .
E] Rasmol
Puoi anche utilizzare RasMol per visualizzare i file PDB su Windows 11/10. È un software gratuito e open source che consente di visualizzare e analizzare le strutture molecolari. Supporta anche l'apertura e la visualizzazione di altri file come MOL, XYZ, CIF, MOPAC, ecc.
Consente di visualizzare la struttura come telaio, ordito, aste, nastri, trefoli, ecc. È inoltre possibile evidenziare diverse parti della struttura con colori diversi. Consente inoltre di mostrare o nascondere atomi di idrogeno, eteroatomi, ombre, etichette, ecc. in base alle proprie preferenze. Puoi anche misurare distanza, torsione, angolo e altri valori in una struttura.
Questo software è disponibile Qui .
Vedere: Il miglior software gratuito di anatomia umana 3D per Windows.
2] Prova uno strumento online gratuito per leggere i file PDB.
Puoi anche utilizzare uno strumento online gratuito per aprire e visualizzare i file PDB. Tutto quello che devi fare è aprire il sito Web in un browser Web e scaricare il file PDB per visualizzarlo. Ecco alcuni buoni visualizzatori PDB online gratuiti che puoi provare:
- RCSB PDB
- Molsoft
A] RCSB PDB
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È possibile utilizzare questo strumento online gratuito chiamato RCSB PDB per visualizzare i file della banca dati delle proteine. Ti consente di importare un file PDB e quindi visualizzare e analizzare la sua struttura molecolare.
Puoi trovare alcune funzioni di visualizzazione di base come zoom, rotazione, commutazione avanzata della vista della porta, ripristino della fotocamera, commutazione della modalità di selezione, ecc. Consente inoltre di regolare alcune impostazioni o opzioni di controllo come la modalità della fotocamera (prospettiva o ortografica), colore di sfondo, su /spento. disabilita occlusione, abilita/disabilita nebbia, ritaglio, posizione, ecc.
Viene fornito con Animare funzione. Usando questo, puoi ruotare automaticamente la struttura proteica. Con questo, puoi regolare la velocità e l'angolo di rotazione. Ottieni anche un file dedicato Misurazione strumento in esso. Usando questo strumento, puoi scoprire più valori come distanza, orientamento, angolo e altro.
Oltre a queste funzionalità, sono disponibili molti altri utili strumenti: ricerca di motivi strutturali, aggiunta di componenti, esportazione di animazioni, esportazione di geometrie (STL, OBJ, ecc.) ed esportazione di modelli.
Tutto sommato, questo è un ottimo visualizzatore PDB online gratuito con un ottimo set di strumenti di visualizzazione. Puoi provare Qui .
B] Molsoft
Molsoft è un altro strumento online che può essere utilizzato per visualizzare strutture PDB. Questo è un semplice visualizzatore di file PDB con funzionalità di base. Per prima cosa, aprilo Sito web e fare clic sull'opzione di menu a tre corsie. Successivamente, seleziona l'opzione 'Apri' per importare un file PDB salvato localmente o caricare un file dal tuo Google Drive. Quando selezioni un file, ti mostrerà la struttura molecolare nel visualizzatore.
È possibile utilizzare diverse modalità di visualizzazione per visualizzare la struttura. Queste viste includono wireframe, creatina fosfochinasi (CPK), palla e asta, nastro e altro. È possibile passare facilmente da una modalità di visualizzazione all'altra in base alle proprie esigenze. Inoltre, consente di abilitare o disabilitare etichette di atomi, etichette di residui, legami idrogeno e siti per una migliore comprensione della struttura.
Fornisce inoltre strumenti di misurazione. È possibile misurare la distanza, l'angolo piatto e l'angolo di torsione nel modello. Inoltre, è disponibile una comoda funzione Color by, che consente di colorare la struttura per tipo di atomo, catena, allineamento, struttura secondaria, ecc.
Questo è un altro buon visualizzatore di file PDB online che puoi provare gratuitamente.
Come scaricare un file PDB dalla banca dati delle proteine?
Per scaricare un file PDB dalla Protein Data Bank, è possibile visitare il sito Web della Protein Data Bank, inserire e cercare il nome della proteina o della macromolecola, come emoglobina umana, chitinasi, ecc. Quindi selezionare il file dai risultati della ricerca e utilizzare l'opzione di download per scaricare il file PDB. Così semplice.
Come visualizzare le strutture PDB?
Le strutture molecolari del PDB possono essere visualizzate utilizzando uno strumento online dedicato o un'applicazione software. Puoi provare software gratuiti come IQmol, Swiss-PdbViewer e CueMol per visualizzare e analizzare le strutture PDB sul tuo PC. Se preferisci utilizzare uno strumento online, ci sono molte opzioni. Ad esempio, prova i servizi Web come RCSB PDB e Molsoft. Si tratta di visualizzatori di file PDB online gratuiti che forniscono strumenti avanzati di visualizzazione e analisi molecolare.
Come convertire il file PDB in PDF?
Per convertire un file PDB in PDF, puoi utilizzare questa applicazione desktop gratuita chiamata Molekel. Fornisce una speciale opzione 'Salva in PDF' che consente di convertire il file PDB in formato PDF. È possibile aprire il file PDB e quindi fare clic su 'File' > 'Salva in PDF' per convertire PDB in PDF. Abbiamo discusso questo software in dettaglio in questo post, dai un'occhiata sopra.
È tutto.
Ora leggi: Il miglior software gratuito di modellazione molecolare per Windows.
